如果你在做蛋白质相互作用（PPI）研究，过去几年一定绕不开"邻近标记（Proximity Labeling）"这个词。从 2012 年的 BioID，到 2018 年的 TurboID，再到 2026 年的多项工具迭代，邻近生物素标记（Proximity Biotinylation）正在重塑蛋白质组学的研究范式——它把互作研究的"静态快照"变成了"动态电影"。

2026 年的三个标志性进展是 UltraID、Split-TurboID 和 REC 标签。它们分别从"更小的酶"、"可开关的酶"、"无赖氨酸的标签"三个维度，解决了困扰研究者多年的痛点。

一、为什么需要邻近生物素标记

研究蛋白质相互作用，传统方法——酵母双杂交、免疫共沉淀、FRET——有一个共同局限：只能看到"静态快照"。要么依赖非生理条件，要么只能捕捉已知的二元互作。

邻近生物素标记的核心思想是：将工程化的生物素连接酶（如 TurboID）或过氧化物酶（如 APEX2）融合到目标蛋白上，酶在其周围约 10 nm 半径内将生物素共价"贴"到邻近蛋白上，随后用链霉亲和素磁珠富集、质谱鉴定，即可绘制完整的互作网络。

二、UltraID：19 kDa 的超轻量连接酶

UltraID 是 2026 年最"轻"的邻近标记工具：

• 分子量仅 19 kDa，远低于 TurboID（约 35 kDa）和 BioID 的 BirA*；

• 标记速度更快，10 分钟内即可完成标记，催化效率更高；

• 易于病毒载体包装（AAV、慢病毒），对目标蛋白功能干扰更小；

• 生物相容性优异，更适合体内与空间受限场景的邻近标记实验。

对低表达量蛋白或对标签敏感的体系，UltraID 提供了 TurboID 之外的理想选择。Broad 研究所 2026 年发表于 Scientific Reports 的工作进一步证明：将 UltraID 与纳米抗体（nanobody）偶联，可在低至纳摩尔浓度下对细胞表面目标蛋白实现数量级增强的生物素标记，并在活体内验证了可行性——这为细胞消融、基因治疗与药物递送提供了模块化平台。

三、Split-TurboID：给邻近标记装上"分子开关"

Split-TurboID 的设计极为巧妙：将 TurboID 拆分为两个无活性片段，分别融合到两个候选互作蛋白上。只有当两个蛋白发生物理相互作用、两片段重新靠近时，酶活性才恢复，对互作界面附近的蛋白进行生物素化。

对于验证候选蛋白对是否存在直接相互作用，Split-TurboID 正在成为酵母双杂交与免疫共沉淀之外的"第三种答案"。

四、REC 标签：无赖氨酸的生物素化位点

第三个突破来自标签本身的重新设计。传统 AviTag 等 biotin 接受标签依赖赖氨酸残基，当融合位点的赖氨酸参与蛋白功能时，标签引入可能干扰活性。REC 标签通过重新编码的接受位点实现不依赖赖氨酸的生物素化，让研究者可以更自由地选择融合位置，尤其适合：

• 活性位点附近融合的功能敏感蛋白；

• 需要精确控制标记拓扑方向（N 端/C 端定向）的膜蛋白研究；

• 对标记均一性有高要求的结构生物学与冷冻电镜样品制备。

五、对试剂供应的要求

邻近标记实验对生物素原料与标记试剂的纯度要求极高：游离生物素残留会竞争链霉亲和素结合位点、抬高背景；不纯的 NHS-酯类试剂则直接影响标记效率与重复性。选择高纯度、批次稳定的生物素标记试剂，是实验可重复的第一道保障。

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