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PNAS重磅:AI设计的PROTAC以40 pM效力降解致癌融合蛋白,击穿耐药突变

    2026年8月6日,浙江大学潘培辰、侯廷军、车金鑫团队在PNAS在线发表研究"AI-driven PROTAC design overcomes oncogenic resilience by eliminating the CLIP1–LTK fusion protein"。研究团队借助深度学习三元复合物预测与基于结构的分子优化,开发出first-in-class PROTAC分子DCL05,实现对CLIP1-LTK融合蛋白的皮摩尔级降解(DC₅₀ = 40 pM),并在广泛的LTK耐药突变谱中,体内外活性一致优于现有ALK激酶抑制剂。

一、为什么激酶抑制剂不够用?

CLIP1-LTK融合于2021年在非小细胞肺癌(NSCLC)中被鉴定为致癌驱动因子,此后在结直肠癌、软组织肉瘤等多种肿瘤中也有报道。其致病依赖具有双重特征

  • 激酶活性依赖:LTK激酶结构域持续激活下游信号;

  • 支架功能依赖:CLIP1介导的多聚化(multimerization)同样驱动致癌信号。

LTK与ALK的激酶结构域序列同源性约80%,因此劳拉替尼等ALK抑制剂对其有一定活性。但抑制剂只占据催化位点,融合蛋白的支架功能得以保留——这正是"抑制"与"清除"的本质区别。

二、PROTAC:从"占位"到"拆除"

PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)通过连接子将靶蛋白配体与E3泛素连接酶配体连接成双功能分子,诱导靶蛋白与E3连接酶形成三元复合物,将靶蛋白送入蛋白酶体降解通路。它不要求持续占据活性位点,而是催化性地清除整个致病蛋白。

image-02-PROTAC机制示意图

DCL05的设计路径体现了当下PROTAC开发的新范式:

环节技术手段
三元复合物预测深度学习模型评估靶蛋白-PROTAC-E3的互补性
分子优化基于结构的连接子长度/连接位点迭代
成药性口服生物可利用的理化性质优化
验证皮摩尔级DC₅₀、耐药突变谱、体内药效

三、行业背景:降解剂赛道进入数据爆发期

这项研究并非孤例。2026年靶向蛋白降解赛道呈现几个明确趋势:

  1. AI辅助设计成为主线:分子胶与PROTAC的理性设计长期是行业瓶颈,AI大模型与三元复合物预测正在显著缩短研发周期(据行业研报,已缩短至12–18个月);

  2. 适应症从肿瘤红海走向自免蓝海:IKZF1/3分子胶、STAT6 PROTAC等在银屑病、IBD领域进展迅速;

  3. 国内管线密集:海思科、百济神州、标新生物等多家企业的降解剂已进入临床阶段。

对合成化学服务而言,PROTAC分子量通常在700–1100 Da、合成步骤多、连接子变化频繁,其研发高度依赖灵活的定制合成能力——尤其是各类PEG连接子、烷基链连接子、Click砌块与E3配体(VHL配体、来那度胺衍生物等)的快速可得性。

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